《隐门录》以明朝万历年间为时间轴，将朝堂权谋与江湖纷争巧妙交织。故事开篇，六扇门各据其主，暗藏玄机：东厂以锦衣卫统领，手段狠辣，行事果决；西厂则由江湖势力掌控，行事诡谲多端；南厂依托武林门派，重情重义却暗藏争斗野心；北厂以商贾联盟为主，表面行商，实则操控地下黑市；而神秘的第六扇门，则是独立于五大门派之外的隐秘势力，暗中观察各方动向，伺机而动。
剧中核心人物叶无涯出身寒门，因机缘巧合卷入这场权力漩涡。他凭借过人胆识与智慧，从底层杂役做起，逐步揭开各派势力隐藏的阴谋。在追查真相的过程中，叶无涯与锦衣卫指挥使陆昭阳、江湖女侠苏挽月、商贾之子萧景行等人产生深厚羁绊。他们时而并肩作战对抗外敌，时而因理念分歧陷入内斗，但始终都以家国大义为重，放下个人恩怨。
随着调查深入，五大门派背后的隐秘势力逐渐浮出水面。原来一场针对皇权的政变悄然展开。东厂与西厂联合对抗朝廷，南厂与北厂则因利益分配不均产生裂痕。此时，第六扇门背后的隐秘组织"暗河"正式登场，他们以"清君侧"为名，试图颠覆现有权力格局。叶无涯等人发现自身被卷入更大的阴谋——不仅要阻止"暗河"的叛乱，还要揭开皇帝暴毙背后的真相，这背后竟牵扯出前朝皇室秘辛。
在60集剧情中，各方势力围绕皇位展开终极对决。叶无涯联合陆昭阳潜入皇宫，苏挽月利用轻功探查禁地，萧景行则通过商道获取关键证据。五大门派掌门齐聚御前，在朝堂之上展开惊心动魄的辩论。最终，叶无涯以一己之力揭开惊天阴谋，还成功扶持新君登基，但自己也身中剧毒，在权力巅峰选择退隐江湖，留下一个充满悬念与遗憾的开放式结局。